清康熙至光緒的間，湖北、河南地方多次遭受水旱災(zāi)害，災(zāi)民陸續(xù)南遷。1850年（清道光三十年）前后，宣城、廣德、寧國(guó)、郎溪等地成為太平軍與清兵爭(zhēng)奪的戰(zhàn)場(chǎng)，居民多避難外逃，這一帶便成了十室九空的荒涼地區(qū)。在清政府向這些地方移民時(shí)，湖北東路花鼓調(diào)與河南曲子便隨湖北、河南的移民傳入皖南，開(kāi)始在這些地方的農(nóng)村出現(xiàn)了“打五件”（鼓、大鑼、小鑼、鈸、竹板五件樂(lè)器）的說(shuō)唱形式。由一人或兩人合作，沿門(mén)自打自唱討取報(bào)酬。所唱曲調(diào)以湖北東路花鼓調(diào)的[蠻蠻腔]和[四平調(diào)]為主，也唱河南的[燈曲子]調(diào)。職業(yè)性的“打五件”藝人們，大量吸收皖南民間曲調(diào)，豐富和發(fā)展了唱腔，逐漸成為分男女角、又唱又做的“地?cái)傋印北硌菪问?，這便是皖南花鼓戲從民間歌舞形式發(fā)展成戲劇藝術(shù)形式的初期階段。

由于“地?cái)傋印苯?jīng)常演出，節(jié)目積累漸多，特別由于演出節(jié)目中注重了人物故事的描敘，因此需要大段的便于表達(dá)情緒、描寫(xiě)故事的唱腔。于是，表現(xiàn)力較強(qiáng)的、變化較多的腔調(diào)便被廣泛采用，除“四平調(diào)”、“蠻蠻腔”外，還有“北扭子”和“淘腔”等。這些曲調(diào)在演唱中得到了豐富提高，逐漸形成了戲劇唱腔曲調(diào)中的“主腔”和“花腔”。之后，藝人們又不斷地吸收民間藝術(shù)和徽劇、京劇等劇種的藝術(shù)成分，促進(jìn)了自己藝術(shù)的發(fā)展，隨之誕生了職業(yè)性的“四季班”和“草臺(tái)班”，給皖南花鼓戲奠定了藝術(shù)基礎(chǔ)。

“四季班”藝人們?yōu)榱藵M(mǎn)足觀眾需要，積極創(chuàng)造和積累劇目、唱腔和表演藝術(shù)。如根據(jù)民歌《繡荷包》、《繡花鞋》等編成了戲曲《繡荷包》、《繡藍(lán)衫》等。根據(jù)說(shuō)唱故事編成《方卿見(jiàn)姑》。根據(jù)民間故事編成《蕎麥記》、《天平山》等劇。還從目連戲、京劇移植改編了《傅羅卜取經(jīng)》、《小尼姑下山》等劇目。唱腔藝術(shù)也由此有了顯著的提高，主腔的板式除了“中板”、“慢板”、“快板”外，還發(fā)展了“對(duì)板”、“連板”、“削板”、“夾數(shù)板”、“清板滾唱”等，音樂(lè)表現(xiàn)力很強(qiáng)，能表達(dá)比較復(fù)雜的人物感情和豐富曲折的劇情。

帶職業(yè)性的“四季班”在農(nóng)村演出受到農(nóng)民的熱愛(ài)和歡迎時(shí)，統(tǒng)治階級(jí)對(duì)它的迫害便接踵而至，以“花鼓淫戲，敗壞風(fēng)化”的罪名明令禁演。這樣，藝人們只能在農(nóng)民的掩護(hù)下到偏僻地區(qū)演出，有時(shí)不得不與京劇、徽劇合班演出，農(nóng)民稱(chēng)這些班社為“草臺(tái)班”。在“草臺(tái)班”發(fā)展過(guò)程中，吸收了京劇、徽劇的表演和唱腔藝術(shù)，服裝和化妝方面也有改進(jìn)和提高。劇目上出現(xiàn)了本戲，上演劇目由20多個(gè)增加到近百個(gè)。

1950年起，皖南花鼓戲由瀕于滅絕轉(zhuǎn)向復(fù)蘇，繼而一步步走上振興之路，一批優(yōu)秀劇目，相繼脫穎而出。其中，《老板娘》獲得中宣部“五個(gè)一工程”提名獎(jiǎng)，《送瓜苗》獲第11屆中國(guó)曹禺戲劇獎(jiǎng)全國(guó)小品小戲大賽一等獎(jiǎng)。為進(jìn)一步拓展皖南花鼓戲生存與發(fā)展空間，為了緩解劇團(tuán)人員青黃不接的問(wèn)題，宣城市專(zhuān)門(mén)為劇團(tuán)增加了編制。2006年，宣城市邀請(qǐng)有關(guān)專(zhuān)家和各界人士，成功舉辦了首屆皖南花鼓戲調(diào)研活動(dòng)。2007年底，宣城市報(bào)批的皖南花鼓戲研究基地項(xiàng)目正式獲批。